על פי המסורת, הרופא העממי הראשון היה שת בן אדם הראשון, הוא לימד את תורתו לחנוך וזה העבירה לשם ועבר שהיו בקיאים ברפואה, בעשבים ובסמי-מרפא. מקום בית מדרשם של שם ועבר קיים עד לעצם היום הזה במערה הקדושה בעיה"ק צפת. הקב"ה  הראה למשה רבינו את כל הסגולות של העשבים והשורשים, חכמה זאת נמסרה גם לשלמה המלך והוא חיבר ספר רפואה על סגולותיו של כל  צמח, למה הוא מועיל ומה טבעו. כל העולם היה הולך ומתרפא לפי ספר זה עד שבא חזקיהו המלך וגנזו, משום שראה כי בני האדם נמשכים אחרי ספר זה ואין להם ביטחון בה' יתברך, ולא מתפללים אליו יתברך שירפאם, כי סמכו על הספר שחיבר שלמה המלך.

האגדה מספרת כי חכמים הודו לחזקיהו על שגנז את ספר הרפואות המיוחס לשלמה ואם תאמר : מאין בא ספר רפואות? יש לומר: כשהיה נח בתיבה היו עמו שדין ורוחין ולילין והיו מזיקים אותו עד שנעשו רובם חולים, וגם מפני ריח רע, עד שבא מלאך אחד ולקח אחד מבני נח והביא אותו לגן-עדן ולימד אותו כל רפואות שבעולם. ואותם רפואות כתבו בספר וזה נקרא ספר רפואות.

האגדה מספרת כי בתקופה שהיה אשמדאי מלך השדים אצל שלמה המלך גילה לו סודות עמוקים וביניהם גם סגולות ורפואות.

בעם ישראל הרופאים היו בתחילה הכוהנים והם טיפלו בכל מקרה של נגע צרעת, הלכות טומאה וטהרה והלכות טהרת נשים. בתנ"ך ובספרים הקדושים יש ידיעות רפואיות רבות, הוראות של בידוד חולים בעלי מחלות מדבקות ותברואה ציבורית. בתוכחה אשר בפרשיות התורה – "בחוקותי", ו"כי תבוא" נזכרים כמה מחלות קשות  שהיו נהוגות בימים ההם. גם הנביאים וראשי העם עסקו ברפואה, באמצעות תפילה, תיקון הנפש ופעולות רוחניות אחרות. משה רבינו התפלל על מחלת אחותו באומרו: "אל נא רפא נא לה" אלישע החייה את בן השונמית, וישעיהו ריפא את המלך חיזקיהו בדבלת תאנים אשר שמו על השחין. ישעיהו הנביא התלונן על בני ישראל אשר "מכף רגל ועד ראש אין בו מתם, פצע וחבורה ומכה טריה, לא זרו ולא חבשו ולא רככה בשמן". מפסוק זה נלמדת הדרך בה טיפלו בפצעים, חבורות ומכות.

בתנ"ך נזכרו כמה ועשרים שמות צמחים. בתלמוד ובמדרשים מובאים כארבע – מאות שמות צמחים – רובם צמחי מרפא שהיו בשימוש בימי קדם, בבבל ובארץ ישראל.

יש סוברים כי הרפואה העממית בתקופת התלמוד היא יהודית מקורית ולא הושפעה על ידי העמים השכנים. בתלמוד ובמדרשים מפוזרות עצות חשובות כיצד לרפא מחלות בדרך טבעית. לדוגמא, אומרים חז"ל: "ששה דברים מרפאין את החולה מחוליו ורפואתן רפואה, ואלו הן:כרוב ותרדין ומי-סיסין דבש וקיבה והרת ויותרת הכבד" ועוד אמרו "כל האוכלין אוכל אדם לרפואה". חז"ל נתנו סימנים טבעיים המעידים על תהליך הבראה "ששה דברים סימן יפה ולחולה ואלו הן: עטוש, זיעה, שלשול,קרי, שינה וחלום".

בתלמוד הבבלי מסופר: ' אמר רבי יוחנן בן נורי: פעם אחת מצאתי זקן ומגילת סממנין בידו. אמרתי לו: מאין אתה? אמר לי: מבית אבטינס אני. ומה בידך? אמר לי: מגילת סממנים, הראהו לי. אמר לי: כל זמן שבית אבא היו קיימין לא היו מוסרין אותו לכל אדם, ועכשיו הרי הוא לך הזהר בה".

רבים התנאים והאמוראים שעסקו ברפואה מעשית, מהם ר' ישמעאל, ר' חנינא בן דוסא, ר' עקיבא, ר' חנינא בר חמא, רב אמי, אביי ואחרים. ברפואה הצטיין שמואל בן אבא הכהן המכונה בשם "שמואל ירחינאה", רופאו של רבי. כאשר רבי חלה בעיניו 'אמר לו שמואל: אתן בתכם סם. אמר לו: איני יכול. נתן את הסם בקנה של סממנים תחת הכר מראשותיו – ונתרפא".

בתקופת התלמוד הבבלי היו נוהגים להקיז דם כשיטת ריפוי. ההקזה נעשתה על ידי אומן, כמו אבא אומנהא "כשהיה מקיז דם היה מקיז לאנשים לבד ולנשים לבד. והייתה לו כסות שיש בה קרן, שהייתה קרועה ככוסלת, וכשהיתה אשר באה לפניו היה מלבישה את הכסות, כדי שלא יסתכל בה. והיה לו מקום צנוע מבחוץ להטיל בו פשיטין (=פרוטות) שקיבל, מי שיש לו – מטיל בו, ומי שאין לו בא ויושב ואינו מתבייש.

וכשנזדמן לו תלמיד חכם – לא היה נוטל ממנו שכר וכשהיה רואה אדם שאין בידו, היה נותן לו פשיטין לאחר שעמד, ואומר לו: לך הברא עצמך".

גם בספר הזוהר נאמר: "לית עשבא ועשבא דאתייליד בארעא דלא הוה ביה חכמתה סיגאה וחיליה בשמיא סגיא". פרוש: "אין לך כל עשב צומח בארץ שאין בו חכמה מעולה וכוחו בשמים יפה" (זוהר פ' יתרו).

במאה השישית לפנה"ס, אחרי עריכת התלמוד הירושלמי בארץ  ישראל, חי אסף הרופא. רפואותיו נרקחו מצמחים, שורשים, מחצבים ואבני מרפא. אסף הרופא חיבר ספר רפואות ובו רשימה של כ- 120 צמחי מאכל תבלין ומרפא.

הרופא והאסטרונום היהודי שבתי בן אבהרם דונולו, שנולד בעיר אוריה שבאיטליה הדרומית ונפטר אחרי שנת 982 לסה"נ, חיבר את "ספר היקר" (ספר המרקחות), שבו הזכיר צמחי מרפא רבים שהשתמשו בהם בזמנו. ספר זה הינו החיבור הרפואי הראשון בעברית על אדמת אירופה ונחשב לתעודה הרפואית הראשונה באיטליה אחרי חורבן האימפריה הרומית. באמצעות סיפרו של שבתי דונולו העובר חומר מדעי יהודי מקורי לאירופה לפני החדרת הרפואה הערבית לבית הספר הרופאי בסאלרנו. גם רב האיי גאון שנפטר ב0 1038, בפירושו לתלמוד ובשאילתות מזכיר כמה פעמים "ספרי רפואות".

ספרי הרפואה של הרמב"ם, כמעט כולם גדושים בשמות צמחי – רפואה עממיים שמשתמשים בהם עד ימינו אלה בעולם כולו.

אבן-סינא אל-מולך, בן דורו של הרמב"ם, כתב: "חכמת הרפואה של גלינוס אינה מרפא אלא את הגוף, אבל חכמת הרפואה של הרמב"ם מרפא לגוף ולנפש כאחד. הרמב"ם האמין ביכולתו של גוף האדם להתגבר על מחלות החולשות בכוחות עצמו בסיוע מחעט של תרופות, מזון מתאים והנהגות בריאות גוף ונפש.

בעלי חשיבות רבה היו גם חיבוריו של הרופא היהודי אסחאק אלאסראילי (מת 953 לסה"נ), איש קירואין ורופאם של שליטי תוניס. את ספריו הרפואיים כתב בערבית.

הרופא אבן-סינא נחשב לאחד מגדולי הרופאים במזרח, הוא נולד באפשינה שבבוחארה בשנת 980 לסה"נ ונפטר בהמשדאן שבפרס בשנת 1037. הוא השאיר כמה חיבורים ברפואה, בידיעת הטבע ובפיסיולוגיה. כמה מחיבוריו שימשו ספרי לימוד חובה בבית הספר האירופיים לרפואה במשך למעלה מאלף שנים, עד סוף המאה ה- 19. אבן-סינה מוזכר הרבה בספרות העברית ובכתבי הרמב"ם. ספרו החשוב ביותר הוא "אלקאנון" – יצירה מקפת בשטח הרפואה ושמירת הבריאות . אחד מהצמחים שהכניס לצמחי הרפואה הוא הסביון, אשר פעולתו מנקה את שלפוחית המרה ומקלה על בעיות עיכול וכאבי בטן. בספרו הרפואי "אלקאנון" יש מיון קפדני של מחלות ומקריהן המיוחדים.

ר' משה בן נחמ"ן (רמב"ן) שחי בין השנים 1270-1194 היה מגדולי החכמים בימי הביינים, פרשן התורה ומן החכמים הראשונים שעסקו בקבלה. רוב ימיו חי הרמב"ן בגירונה שבספרד הנוצרית לא הרחק מן הגבול הצרפתי והיא רופא מפורסם. הוכר כראש חכמי הדור וכל תפוצות ישראל ראו בו מנהיג רוחני. הרמב"ן הכיר את חכמי אשכנז, היה בקיא בתורתם של בעלי התוספות והוא בעצמו למד תורה שיטתם ובדרכם כתב את חיבוריו. הוא אף הכיר את היהודים בני ספרד ואת הלך רוחם. כך היה לאחד המפרשים בפולמוד על כתביו הפילוסופיים של הרמב"ם.

בסוף המאה ה- 16 ובראשית המאה ה- 17 חי בצפת ר' חיים ויטאל (1620-1543), מגדולי המקובלים, שהיא גם רופא מומחה. התגורר מאז 1594 בדמשק. נודע בעיקר בחיבורו "עץ החיים", שבו סיכם ופירש את רעיונותיו של רבו האר"י הקדוש (ר' יצחק לוריא), מי שיצר את השיטה הנפוצה ביותר בקבלה, השיטה הידועה על שמו (הקבלה הלוריאנית). אודות לספריו של ר' חיים ויטאל זכו רעיותיו של האר"י שנודעו תחילה רק בחוג מצומצם של תלמידיו, לפרסום רחב בקרב העם והשפיעו השפעה עצומה על חיי הרוח והציבור של היהודים. ר' חיים ויטאל היה חדור כמיהה עזה לגאולה. הוא דן לגנאי חכמים שלא חשו כמוהו בצער האומה. כמיהתו זו היא גם שעוררה אותו להתלהב לשמועות על יהודים חופשיים המתגוררים כביכול אי שם בין האינדיאנים באמריקה, ולקוות כי מהם תצמח הישועה ("ספר החזיונות"). באחד מכתבי ידו שנתגלה בזמן האחרון, כותב רבי חיים ויטאל על האלכימיה, קבלה מעשית, סגולות, השבעות ולחשים ומקדיש חלק נכבד ממנו לנושאים שונים בריפוי מחלות. תרופות רבות פיתח ורקח בעצמו ונתן לחולים ותשושים. בין מרקחותיו ורפואותיו נמצאים צמחי-מרפא אשר ציין את שמותיהם גם בערבית. חשיבות מיוחדת נתן לגרעין האפרסק שמועיל לריפוי כמה מחלות. חיבורו הנודע "שערי קדושה" – המאיר את הדרך להתקדשות וריפוי רוחני הינו, אחד הספרים הנלמדים בהשתוקקות ובעניין רב במכללה לרפואה יהודית ע"ש הרמב"ם.

בין מיודעיו של רבי חיים ויטאל נמצא בצפת ר' משה מזרחי זצ"ל, שאף הוא היה מקובל ונשתמר ממנו חיבור (בלתי שלם) על אבנים יקרות, סגולות , רפואות, גורלות, לחשים ואלכימיה שכתב שבע שנים אחרי מות ר' חיים ויטאל.

במאה ה- 17 חי ברומא הרב יעקב צהלון, שהיה משורר ורופא. בשנת 1683 נדפס בויניציאה ספרו "אוצר החיים" שכלל את כל מקצועות הרפואה כפי שהייתה ידועה בתקופתו. יש לו דעות מיושנות שלמד אותם באוניברסיטה השמרנית של רומא. ספר זה הוא הספר הראשון בספרות העברית המודפסת, שנכתב מלכתחילה בעברית (ואינו תרגום משפה אחרת), הוא הושפע מתגליותיו של הארוי (Harvey) על מחזור הדם. ספרו זה מכיל חידושים רפואיים מעניינים המושפעים מהרפואה הטבעית ותורת הויטאליזם.

במחצית השניה של המאה ה- 17 חי באיטליה הרב רפאל מרדכי מלכי, שהיה גם רופא טבעי מדופלם ובעל – שם. הוא נולד בשנת 1640 לערך, התמחה ברפואה וידע חמש שפות: עברית , ערבית, ספרדית, איטלקית, ולאטינית. תל"ז (1677) עלה לירושלים ושימש בה כרופא עד יום מותו ד' באב תר"ב (1702). לדעתו יש לחלק בין "רפואות סגוליות" ורפואות טבעיות. הראשונות מרפאות לא על פי מה שידוע בחכמת הרפואה, אלא ברמה הסגולית. לדעתו, רוב הרפואות הם דברי מאכל וצמחים וכי אחת הרפואות הבדוקות ביותר הוא היין. בסקירתו על מצב הבריאות בירושלים דאז הוא קובע כי "יש לחם במקום אחד שכולו מזון… ויש מקומות שלחם שם כולו פסולת".

הרב חיים יוסף אזולאי (חיד"א) כתב: "סגולת העשבים הוא דבר נפלא… ובכל עשב יהיה מותר. ויש עשב להחיות המת כאשר אמרו באגדה. ועד היום הערבים הולכי מדברות, יש להם איזה סגולות בעשבים. ויש עצב שמהפך העופרת או הכסף לזהב כאשר ידענו מפי סופרים מגידי אמת". בכתביו הקדושים רומז החיד"א  על סגולות העשבים ששמע מרבו חיים ויטאל שהיה תלמידו המובהק של האר"י ז"ל.

ר' לוריא יצחק אשכנזי (האר"י) שחי בין השנים 1572-1534. היה מגדולי תורת הקבלה ויוצר השיטה נפוצה ביותר שבה. האר"י הקדוש נולד בירושלים לאביו ר' שלמה לוריא אשכנזי, שנפטר בגיל צעיר ולאם ממוצא איטלקי. ירד עם אמו למצרים ושם התחנך בבית דודו. למד תורה אצל גדולי הדור כר' בצלאל אשכנזי. נשא לאשה את בת דודו והחל להתפרנס ממסחר. לימים החל דבק בקבלה, התבודד במשך 7 שנים וחי חיי טהרה ופרישות. ביותו בן 35 חזר ועלה לארץ והתיישב בין המקובלים בצפת. רק בשנתיים האחרונות של חייו גילה את שיטתו לתלמידיו. אחד מהם, ר' חיים ויטאל, אשר העלה אותה על הכתב, אחרי מות רבו ספרו "עץ החיים". קבלת האר"י נוטה לציורים ועלילות, שאינם אלה סמלים לעולמות רוחניים מופשטים. שלושה תהליכים מסתמנים לדעת האר"י באלוקים:  צמצום, שבירה, תיקון. לראשונה היה, לדעתו, הכל מלא אור אלוקי אין סופי. כשהגיעה שעת הבריאה, צמצם אלוקים את עצמו, כביכול, כלומר אסף את אורו ונתהווה, כביכול, מעין חלל, ובו התרחשה הוויה של הבריאה. בשעת הבריאה קבלו "כלים" שונים שפע אור, שלא יכלו להכילו ונשברו. האור שב וחזר למעלה אולם ניצוצות רבים ממנו דבקו בשברי הכלים ונשבו ע"י הסיטרא –אחרא (הצד האחר, הטומאה). התפקיד העלה שהוטל על עם ישראל הוא לאסוף את הניצוצות ולהשיבם למקורם העליון וע"י כך לחסל את הרע. גלות ישראל אינה אלה שליחות עם קדושים לצורך החשת הגאולה על התבל כולה. מהותה של שליחות זו הוא ליקוט ניצוצות הקדושה שנפלו מלמעלה ונתפזרו. העם הקדוש הוא בבחינת אבן שואבת לניצוצות האלה בכל מקום ומקום בעולם. האר"י ריפא חולים בהבל פיו הקדוש שגזר והקדוש ברוך הוא קיים.